302 件の論文
進化生物学は、生命がどのように時間とともに変化し、多様な姿を形成してきたかを解き明かす分野です。遺伝子の働きから種間の関係まで、過去の証拠と現在の観察を結びつけることで、私たちの存在のルーツに迫ります。
Gist.Science は、bioRxiv から投稿される進化生物学の新しいプレプリントをすべて収集し、専門用語を噛み砕いた解説と、技術的な詳細をまとめた要約の両方をご用意しています。これにより、専門家だけでなく広く一般の方々が、最先端の研究成果をスムーズに理解できます。
以下に、進化生物学の最新プレプリントの一覧をご紹介します。
本論文は、疎なデータセットにも適用可能なグラフベースの新たな複雑性（ruggedness）の指標を導入し、タンパク質の適応度地形が、折り畳みや結合といった支配的な生物物理学的制約が変化する箇所において、局所的な複雑性を示すことを明らかにしている。
本研究は、キノコバエにおける初の雄性生殖細胞系染色体スケールのゲノムアセンブリを提示し、それらの生殖細胞限定染色体が、遺伝子豊富で強力な浄化選択下にあるにもかかわらず、並外れた構造的および内容的なダイナミズムを示すことを明らかにするとともに、サテライトDNAを介した体細胞における排除の証拠も提供するものである。
集団ゲノミクスとフィールド調査を統合することで、本研究は、ハワイの寄生蜂が、深刻な遺伝的ボトルネックにもかかわらず、古代のゲノム基質によって駆動される継続的な軍拡競争の進化をどのように遂げ、コオロギの宿主が持つ防御的な沈黙変異に対して迅速にカウンター適応を進めたかを明らかにしている。
本研究は、寄生虫の感染を排除することなくその増殖と病原性を阻害する亜致死的な免疫抵抗性が、真の耐性と数学的に区別がつかない反応ノルムのパターンを生じさせることを示しており、それによって、適応度と寄生虫負荷の傾きを用いてこれら二つの宿主防御戦略を区別することの妥当性に異議を唱えている。
78種の硬骨魚類における転移因子の分布と制御を分析することにより、本研究は、宿主と転移因子の関係がレッドクイーン・ダイナミクスによって駆動される共進化の軍拡競争であることを裏付ける進化ゲノミクス的枠組みを提供する。
本研究は、全ゲノム解析を用いることで、侵入種である鳥類吸血蝿（*Philornis downsi*）がサン・クリストバル島へのボトルネックを伴う導入を経てガラパゴス諸島に定着し、その後、風や船舶による非対称な西向きの分散によって他の島々へと広がったことを明らかにし、固有の鳥類を保護するための標的を絞った防除戦略に資する明確な遺伝的構造を提示している。
現実的なゲノム構造と突然変異率修飾遺伝子を組み込んだAevolシミュレータの拡張版を用いた本研究は、自然選択が複製忠実度の向上を系統的に駆動する一方で、最終的な突然変異率は、遺伝的浮動と忠実度を向上させる有益な突然変異の限定的な供給量との相互作用によって制約されることを示している。
進化的な距離を超えた汎化性能を向上させるためにノイズ増強を用いた細菌の遺伝子内容で機械学習モデルを訓練することにより、研究者たちは祖先表現型を予測することに成功し、細菌の最終共通祖先は、おそらく嫌気性で二重膜を持ち、中程度の好熱性を示す生物であったと結論付けた。
本論文は、シミュレーションおよび加重平均二乗誤差の比較を通じて、現実的な測定誤差を伴う希薄な化石データの解析において、重み付き最小二乗法（WLS）が一般ランダムウォーク（GRW）モデルよりも優れた、より柔軟な手法であることを示しており、なぜならGRWは条件下でパラメータを正確に推定することに苦慮し、過度に楽観的なAICの結果をもたらす可能性があるためである。
本論文は、排除、分裂、および加入の戦略を介したインサイダーとアウトサイダーの間の加入を巡る葛藤と内部の混雑による緊張の相互作用が、集団を安定した最適レジーム、あるいは過剰および過小な規模の二峰性分布へと駆り立てることを示すことで、観察される集団サイズがしばしば最適レベルから逸脱する理由を説明する理論を提唱するものである。